『延喜式』神名帳に大社として記載されています。
本殿は春日造り、妻入りの向拝付き、桁行、梁間とも約１メートル９０センチ、屋根は檜皮葺き。三方に橼高欄があり、正面に階段。瑞籬は約９メートル四方。前面は透塀で鳥居が取り付いています。
髙鉾神社と山口神社の本殿はほぼ同じ規模、構造です。両社の社殿の東西の壁面には、孔雀などを描いた極彩色の壁画があります。
吉野山口神社は、中近世の一時期、天満宮と称したことがあります。「神代の天神」を祭神としたことで「菅原天神」と混同されたようですが、「間違い」とされ、明治以降、元の社名に復帰しました。

意賀美（おがみ）神社

吉野山口神社の左（西）側にあります。もと龍門滝の上の大地に鎮座し、竜王さんと呼ばれていましたが、明治４３年に現在地に移遷されました。
かつて、日照り続きで雨乞いをするとき、「こおりとり」という行法が行われました。榊の葉を一枚づつ龍門滝の水にひたし、龍王さんに供えにいく行を３３度繰返した、といいます。老人達は滝壺に静座して、一心に般若心経を読誦します。小さな鰻が滝の急流を上ると霊験が証明され、大雨に恵まれた、と伝えます。
龍を形どった珍しい牛王宝印は、龍門寺ゆかりと伝承しますが、龍王さんの雨乞いに関係する遺品だったらしいです。
９月２４日、山口自治会によって例祭が行われています。

大宮寺跡

吉野山口神社前広場西側の一段低い場所に、かつて、神宮寺の大宮寺がありました。
神仏習合によって神社の別当寺として造られたもので、社僧が住み、神社の祭典にも参加していましたが、神仏分離令（廃仏毀釈）によって明治５年に廃寺となりました。
大宮寺には建長８年（１２５９）の銘がある古い釣鐘がありました。添上郡辰市（現奈良市）の聖宝寺のものだったといい、龍門騒動の時にはこの鐘の合図で蜂起したと伝えます。廃寺とともに佐々羅の意通寺に引き取られました。
跡地には「牛滝さん」が祀られています。かつては９月２４日の意賀美神社例祭に、多数の牛を引き連れて参拝（牛滝まつり）、にぎわったものです。